De huidige behandeling, die levenslang duurt, is lichamelijk gezien erg zwaar; je werkt dagelijks nogal wat chemicaliën naar binnen. De bijwerkingen zijn dan ook niet mis. Veel mensen kunnen de medicijnen niet verdragen; een aanzienlijk deel van de gebruikers krijgt klachten als misselijkheid, braken, diarree en huiduitslag.
Op langere termijn doen zich soms ernstige bijwerkingen voor. Over de bijzonderheden van deze bijwerkingen is nog niet genoeg bekend; de hiv-remmers worden immers pas tien jaar gebruikt. De belangrijkste lange-termijn bijwerkingen zijn:
- problemen rond de vetverdeling (lipodystrofie): lichaamsvet kan zich gaan verplaatsen naar plekken waar je normaal geen vet hebt
- mogelijk meer kans op hart- en vaatziekten
- problemen rond mitochondriën: mitochondriën zorgen in alle cellen voor de productie van energie en daardoor vormen ze de belangrijkste schakel in de stofwisseling van de cel. Aantasting van deze mitochondriën betekent automatisch een ernstige inbreuk op deze stofwisseling
- meer kans op botontkalking (osteoporose)
Omdat de behandeling met de huidige hiv-remmers niet altijd een succes is, zijn onderzoekers hard op zoek naar nieuwe medicijnen. Ook kijkt men naar de mogelijkheden van immuuntherapie, het stimuleren van de afweer van het menselijk lichaam.
